我是财立来（上海）财务咨询有限公司业务二部的财务专家，非常荣幸解答。您所关注的问题是关于上海公司财务报表往来款有余额是否可以申请注销税务的事项。
我们需要明确的是，财务报表往来款有余额并不会直接影响您的税务注销申请。然而，关于税务注销的程序和要求涉及到多个方面，所以我们需要细致地分析您的具体情况，以便准确的指导。
在企业税务的注销过程中，财务报表往来款的相关情况，尤其是往来款有余额，可能会被税务机关当作审查和核实的标准之一。在审查过程中，税务机关会关注以下几个方面：
1. 往来款项的性质和用途：您需要清晰地说明往来款的性质，例如是否为购销商品、服务费用等，以及款项的具体用途。这是因为税务机关需要核实往来款是否符合合理的商业交易关系。
2. 往来款项的收支情况：您需要提供详细的记录，包括收款和付款的时间、对象和金额等。税务机关会根据这些记录来判断企业的经营活动是否符合税务规定。
3. 往来款项的证明材料：除了财务报表，您还需要准备与往来款项相关的发票、合同、银行对账单等证明材料。这些材料将帮助税务机关对您的财务情况做出准确的判断。
此外，如果您的往来款项中包含了来自关联方的资金流动，税务机关可能会更加审慎地对待这些款项。因为关联方交易往往涉及到税务规避等风险，所以您需要提供更充分的证据来证明这些交易的真实性和合规性。
财务报表往来款有余额不会直接影响您的税务注销申请，但相关情况可能会被税务机关作为审查的依据。所以，在办理注销税务的过程中，我们建议您：
1. 对往来款项进行详细的整理和记录，确保明确每笔款项的性质、用途和收支情况。
2. 保留与往来款项相关的所有证明材料，包括发票、合同、银行对账单等。
3. 如有涉及关联方交易，提供充分的证据来证明交易的真实性和合规性。
如果您需要更为详细的指导或者想要了解更多税务注销相关的信息，随时与我们联系。财立来（上海）财务咨询有限公司业务二部将竭诚专业的解答和帮助。
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